对每个做研究的人来讲，查、读文献，尤其是英文文章几乎是每天必做的功课。有些人喜欢打印出来，整整齐齐的放在大文件夹中，这种情况在以前最为常见。但随着电脑的普及，更多的人开始喜欢把文献存在电脑。日积月累，由于文献太多，放置凌乱，一篇文章要费半天劲才能找到。在这种情况下，有一个好的文献管理软件显得尤为重要。
如果你是Mac用户，恭喜你，你只需要购买大名鼎鼎的“Papers”，一切迎刃而解。作为一款只应用于iOS系统的文献管理软件，Papers拥有类似iTunes的漂亮界面，可以方便的导入、引用、搜索文献，几乎是完美软件的代表。曾不止一次听人说，这辈子买的最值的软件就是Papers。
更多内容请看：这里
但对于广大的PC用户，Papers再好也徒有羡慕的份。大家最常用的恐怕当属EndNote，但据说EndNote的销售人员被问最多的问题是：为什么Papers有这项功能，而你们没有？Endnote在写论文的时候插入文献非常之有用，下载文献也令人称道，但管理文献是它的弱项。鉴于EndNote已经在中国被广大用户盗版使用，关于如何使用这里就不赘述，但缺点要提一下，一是贵，二是界面丑陋，三是搜索文献很白痴，...
下面推荐两个软件，Mendeley 和 ReadCube。
Mendeley是一款跨平台的PDF文件管理软件，可以在Windows，Mac 和 Linux下使用，甚至还可以在 iPad 和 iPhone 上运行，但我主要在Windows 7 系统下使用。想使用该软件，你需要注册一个免费账户，这样所有平台上的PDF文件都能够通过你的账户进行同步，类似于 iCloud 和 Dropbox 的云端服务。除了同步自己的文件，你还可以建立小组和他人共享文件。Mendeley的基本模式是免费的，你最多可以使用1GB的免费空间，其中包括 500MB 私人空间和 500MB 的共享空间；它还提供了两种付费模式，每月付 €4.99 你可以得到 7GB 的存储容量；每月付 €9.99 可以得到 15GB 的存储空间，但我没发现周围人钱多到花不完去升级的。
Mendeley的优点很明显，启动快、界面简单明了，搜索功能特别强大。
对大多数用户来说，使用该程序的第一件事情是导入自己众多的文献资料，也就是PDF文件。导入文件在Mendeley下简单快捷，你可以选择常规的导入文件/文件夹选项，还可以选中你要导入的（多个）文件/文件夹拖拽到Mendeley程序的空白处。导入的速度非常快，即使是一个100MB左右的文件夹，所需也不会超过一分钟。导入以后会程序会自动识别出文献的各种信息，诸如题目、作者、年代等等。
在主程序的左侧有一列文件夹选项，你可以方便的建立和删除文件夹，以及把众多文件任意拖拽到其他文件夹。到你点中某个文件夹的时候，可以选择"Edit
Settings"选项，里面只有一个对话框：是否同步文件。选中意味着导入Mendeley的PDF文档会自动保存到云端，你可以在其他操作系统下通过自己的账户顺利打开文件，也就是说你根本不用再保存源文件。这点对我特别有用，每次我下载一堆PDF文件到桌面，定期导入Mendeley，然后清理干净桌面，再也不用改文件名、考虑文件放在哪个文件夹等问题。
导入非常方便，但Mendeley最让人赞叹的还是强大的搜索功能，每当输入关键词，包含该关键词的PDF文档就会自动排列出来，和Google的即时搜索显示非常接近。找文献变得无比简单，只要几个关键词，无论是题目、作者、还是任何文档内容都能帮助你迅速定位。还有一个让我喜欢的小细节，在程序下，按Ctrl + F 可以直接切换到搜索窗口，跟Chrome和Firefox浏览器一样的快捷键设置。
但Mendeley绝非完美无缺。首先，你会发现自己的Mendeley免费容量很快会用完，如果不想每月付费，我的做法是把所有文件存放在一个大的文件夹，然后不再选中”同步文件“选项，但这样会牺牲掉跨平台的特性。另一个问题是对杂志名称的识别。对某些杂志，Mendeley无法正常识别出来杂志的名称、作者和年代，这对于搜索结果的影响不大，但牵扯到Mendeley提供另外一项功能：PDF文章的导出。写过科技文章都知道，插入文献是个很让人头疼的问题，大部分人通过Endnote在Word中的插件来完成。Mendeley宣称能够以Endnote或者BibTex（如果你用Latex）的格式导出文献文件。如果名称识别有误，导出也没了意义。而这样的例子虽然不多，但出现一个就需要时间去解决。Mendeley的开发人员显然意识到问题，更新也很快，却依然没从根本上解决掉。Mendeley 在Windows 7 下运行正常，但对64位机的兼容有待改进。根据官方说法，Mendeley提供Word插件，从而实现在Word下插入文献的功能，这样就完全绕过Endnote，但仅仅限于32位机以及Office 2007及以前版本，所以我从来也没能试用。
ReadCube
ReadCube是一款2011年底推出的免费软件，目前还处在beta版公测阶段，可以在Windows和Mac下运行。该软件由Harvard Univ 的一群人开发，目前和Nature有合作关系。打开最新的Nature文章，右侧“pdf option”多了一个选择：在ReadCube下打开，非常高明的营销手段。另外，软件本身也很值得称道。不同于Mendeley跨平台软件的定位，ReadCube的目标就是方便用户管理文献。用ReadCube可以快速的导入已有文献，这点和Mendeley类似。
打开ReadCube，界面左上方有一个搜索选项，集合了Pubmed，Google scholar 以及 用户自己的文献库。这些功能中规中矩。尤其是本地搜索选项，速度不如Mendeley，并且搜索关键词不会高亮显示，排序也不如Mendeley合理，显然，最重要的功能依然需要改进。Pubmed和Google Scholar搜索速度都还不错，但是否每个人都喜欢在ReadCube下搜索？
列举ReadCube的新功能，最喜欢该软件的“Recommendations”。依据你导入的文献，ReadCube会自动检索，然后推荐文章给你。每个研究人员都不想漏掉自己研究领域的最新进展，虽然期待它涵盖所有感兴趣的文章并不实际，但它提供了一项很便捷的功能，帮助查找可能漏掉的文章。试用几次发现，所有的推荐文章都与我的研究相关，平均40%左右的文章我会非常感兴趣，这已属相当高的比率。
但ReadCube也会有文献识别不出的问题，和Mendeley比无太大改进，并且在识别错误的情况下，对文献的“supporting
information”支持不够。此外，ReadCube似乎是在Adobe
Air上编写的程序，鉴于Adobe Flash的安全性被人诟病，这也是一大缺陷。
虽然有一切缺点，但是ReadCube界面简洁优美，是和MAC风格最贴近的免费文献管理软件。ReadCube还处在beta版测试阶段，潜力很大，特别是考虑到他们的开发人员有很强的科研背景，更能了解这类用户的需要。
总之，我更倾向于把Mendeley作为每天打开的程序，但我更加看好ReadCube的潜力。
